НИЦ Системного анализа на базе теоретических и методических изысканий, а также многолетнего опыта, консультирует коммерческие и некоммерческие организации по широкому кругу вопросов в сфере финансовой, юридической, технологической, технической, экспертной деятельности. 

Основная задача консалтинга заключается в анализе, обосновании перспектив развития и использования научно-технических и организационно-экономических решений с учётом предметной области и проблем клиента.